2016年3月31日、厚生労働省保険局医療課が公表した2016年度調剤報酬改定の疑義解釈資料において、調剤基本料については、大型門前薬局の定義に関する質疑が多く寄せられた。年度の途中にM＆Aなどで大手薬局チェーンのグループの傘下に入った場合は、同じ年度内はグループに属する前の調剤基本料が算定可能となることなどが示された。