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Lancet Infectious Disease誌から
COVID-19対策に塩基配列の迅速検査が役立つ
疫学情報と組み合わせてSARS-CoV-2感染経路の追跡が容易になる

 英国Cambridge大学のLuke W Meredith氏らは、PCR検査でCOVID-19と診断された患者のウイルスゲノムの塩基配列を迅速に検査し、入院患者と医療従事者、市中感染のウイルスの塩基配列を比較して、疫学情報と組み合わせることにより、35クラスターを特定した。この手法は感染ルートの究明と院内感染対策として有効だと報告した。結果はLancet Infectious Disease誌電子版に2020年7月14日に掲載された。

 医療施設内の感染は患者と医療従事者の両方に起こり得るが、早期に発見し拡大を阻止することが極めて重要だ。SARS-CoV-2のようなRNAウイルスは、時間経過と共に変異を蓄積していくため、ゲノム配列の多様化が進行する。現在の変異の速度は、おおよそ1カ月に2.5ヌクレオチドと推定されている。そこで著者らは、SARS-CoV-2迅速シーケンシングと詳細な疫学的分析を組み合わせて、SARS-CoV-2の院内感染について研究し、予防法の構築に役立つ情報を得ようと考えて、前向きのサーベイランスを行った。

 対象は、Cambridge大学病院のCOVID-19患者と感染した医療従事者、および英国東部の18病院を受診したCOVID-19患者。ナノポアシーケンシング法を用いて、標本採取から24時間以内に塩基配列情報を入手できるようにした。患者の人口統計学的データと臨床データ、検査値などは病院の医療記録から入手した。

 2020年3月13日から2020年4月24日までに、5613人がPCR検査を受けて陽性と判定された。このうち1000標本をCambridge大学病院でシーケンシングを行い、高品質なデータが得られた747標本を分析の対象にした。このうち37標本がスクリーニングで見つかった医療従事者、262標本がCambridge大学病院の患者、448標本が他の病院の患者のものだった。

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