厚生労働省は2020年9月4日、医道審議会医師分科会医師臨床研修部会を開催。新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の流行に伴い、入院患者数が減った病院も多いことから、初期臨床研修を行う基幹型臨床研修病院の指定継続について年間入院患者数が2700人未満でも、他の要件を満たす場合は継続を認めることを決めた。ただし、新規の指定については、この例外を適用しない。
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