都道府県がまとめているインフルエンザ定点当たり届出数によると、40週（9月28日～10月4日）時点で全国で6.40人となった。39週に減少に転じたが、再び増加した。北海道、福岡県、愛知県で、春以降初めて注意報レベルとされる「10人」を超え、沖縄県も加えた4道県となった（図1）。
図1 インフルエンザ定点当たり届出数の動向
40週に流行の目安とされる「1人」を超えているのは44都道府県で、前週より2県増加した。もっとも多いのは、北海道で16.99人と前週（6.18人）の3倍近くに増加した。これに、福岡県が13.41人、沖縄県が10.47人、愛知県が10.39人で続いている。ここまでが注意報レベルの「10人」を超えている。
前週からの増加率をみると、愛媛県で3.68倍、佐賀県で3.56倍と急増したほか、、青森県で2.86倍、北海道で2.75倍、新潟県で2.37倍、石川県で2.18倍に増えている。前週より増えたのは、40自治体で前週の16件より拡大した（表1）。
国立感染症研究所のインフルエンザウイルス分離・検出速報（10月6日現在報告数）によると、分離・検出されているウイルスは、ほとんどが新型インフルエンザ（A/H1N1）となっている。
表1 定点当たり届出数の推移（前週からの増加率が高い順）
| 週 | 39週 | 40週 | 40週/39週 |
|---|---|---|---|
| 全国 | 4.25 | 6.40 | 1.51 |
| 愛媛県 | 0.34 | 1.25 | 3.68 |
| 佐賀県 | 1.85 | 6.59 | 3.56 |
| 青森県 | 0.63 | 1.80 | 2.86 |
| 北海道 | 6.18 | 16.99 | 2.75 |
| 新潟県 | 1.18 | 2.80 | 2.37 |
| 石川県 | 0.6 | 1.31 | 2.18 |
| 熊本県 | 1.54 | 3.25 | 2.11 |
| 静岡県 | 1 | 2.11 | 2.11 |
| 神奈川県 | 3.84 | 8.05 | 2.10 |
| 三重県 | 2.69 | 5.51 | 2.05 |
| 兵庫県 | 5.19 | 8.94 | 1.72 |
| 茨城県 | 2.2 | 3.77 | 1.71 |
| 富山県 | 0.33 | 0.56 | 1.70 |
| 和歌山県 | 3.12 | 5.26 | 1.69 |
| 長崎県 | 3.36 | 5.57 | 1.66 |
| 奈良県 | 3.15 | 4.85 | 1.54 |
| 岐阜県 | 2.66 | 4.06 | 1.53 |
| 福岡県 | 8.79 | 13.41 | 1.53 |
| 愛知県 | 6.83 | 10.39 | 1.52 |
| 山口県 | 1.28 | 1.94 | 1.52 |
| 千葉県 | 5.14 | 7.66 | 1.49 |
| 京都府 | 4.34 | 6.44 | 1.48 |
| 福島県 | 1.51 | 2.21 | 1.46 |
| 岡山県 | 1.32 | 1.93 | 1.46 |
| 宮城県 | 3.85 | 5.55 | 1.44 |
| 東京都 | 6.68 | 9.60 | 1.44 |
| 広島県 | 1.63 | 2.28 | 1.40 |
| 秋田県 | 2.18 | 3.04 | 1.39 |
| 大分県 | 3.55 | 4.95 | 1.39 |
| 鹿児島県 | 1.73 | 2.40 | 1.39 |
| 群馬県 | 2.18 | 2.93 | 1.34 |
| 山形県 | 0.56 | 0.75 | 1.34 |
| 埼玉県 | 6.29 | 8.10 | 1.29 |
| 香川県 | 2.7 | 3.47 | 1.29 |
| 徳島県 | 1.32 | 1.64 | 1.24 |
| 福井県 | 1.53 | 1.81 | 1.18 |
| 宮崎県 | 2.46 | 2.81 | 1.14 |
| 山梨県 | 1.63 | 1.85 | 1.13 |
| 長野県 | 1.82 | 2.01 | 1.10 |
| 栃木県 | 2.28 | 2.50 | 1.10 |
| 大阪府 | 8.82 | 8.54 | 0.97 |
| 島根県 | 1.42 | 1.32 | 0.93 |
| 沖縄県 | 12.12 | 10.47 | 0.86 |
| 岩手県 | 5.02 | 4.08 | 0.81 |
| 鳥取県 | 1.17 | 0.93 | 0.79 |
| 滋賀県 | 8.67 | 6.65 | 0.77 |
| 高知県 | 3.17 | 2.40 | 0.76 |
