判決文は49ページにわたっているが、裁判所の判断は13ページほどである。その判断部分について略述する。判決は、まず平成18年9月以前の旧健康保険法(以下健保法)における特定療養費制度についての解釈を述べ、次に現行健保法における保険外併用療養費制度についての解釈を述べ、最後に混合診療において保険を給付しない国の解釈およびその解釈の基礎となる健保法に対する憲法判断を述べている。特定療養費制度についての裁判所の解釈は、次のようなものである。

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