厚生労働省は「接種の積極的勧奨を差し控える」という形で日本脳炎の定期予防接種を事実上、中止することを決め、5月30日付けで都道府県に通知した。ただし、日本脳炎流行地への渡航などで、本人またはその保護者が希望する場合は、効果と副反応を説明し、明示の同意を受けたうえで、現行の日本脳炎ワクチンの接種を行うことは認められる。

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