一方日本では……理研、国がんが肝がんゲノムを解読
 理化学研究所ゲノム医科学研究センターのバイオマーカー探索・開発チームの中川英刀氏と国立がん研究センター研究所がんゲノミクス研究分野の分野長、柴田龍弘氏らが、肝がん患者27例の肝がんのゲノムを解読することに成功、研究成果がNature Geneticsオンライン版(5月27日付け)に発表された。これは国際がんゲノムコンソーシアム(ICGC)のプロジェクトの一環として行われた。
 同チームが解析した肝がんは患者25名に由来する27例。内訳はB型肝炎関連11例、C型肝炎関連14例、非ウイルス性2例となっている。その結果、以下のような知見が得られた。(1)ゲノム変異の数は、1つの腫瘍当たりポイント変異が約11,000カ所、コピー数の異常や染色体の転座や逆位などのゲノム構造異常が21カ所に及ぶ(2)ゲノム変異のパターンは非常に多様であったが、塩基配列の置換パターンには病因と関係ありそうな傾向が認められる(3)27例中16例(59%)で、DNAとたんぱく質複合体であるクロマチンの構造を制御する遺伝子に変異が認められた(4)B型肝炎関連の肝がん11例のうちの4例(36%)の場合、細胞の不死化に関わるテロメア逆転写酵素(TERT)の周囲にB型肝炎ウイルス(HBV)のゲノムの挿入があった。
 以上の結果は、肝がんのゲノム異常の多様性とともに、発がんに関してクロマチン制御の異常やHBVゲノムによるTERT活性の変化が関係している可能性を示唆するものだ。
患者個人の遺伝子解析の可能性
 今回の知見を治療に還元するために同グループは2つの方向性があるとしている。1つは、クロマチン制御機構やテロメラーゼを標的とした肝がんの新規分子標的治療薬や診断方法を開発することだ。
 もう1つは、患者個々の肝がん細胞のゲノム変異を調べあげ、その結果を予後や転移リスクの診断、さらに治療法の選択に反映させること。治療にかかる患者のゲノムの解析は、以前から提唱されていたが、従来のDNA解析技術では莫大な費用と時間がかかることから夢物語と捉えられてきた。しかし、超大量のDNAの塩基配列の解読を並列して行う次世代解析装置(次世代シーケンサー)が登場し、患者一人ひとりの遺伝子情報を解読する診療が現実味を帯びている。現行の解析装置では、12日間で約6,000億個(6名分)の塩基配列の解読ができるが、現在開発中の第3世代の装置では、1日で個人のゲノムを解読する能力を有する。
 ICGCは、2008年に発足した国際的ながんゲノム研究組織で、特定のがんに関する遺伝子変異を解析、データを収集している。2012年3月時点で14カ国とEUの組織が参画、47個のプロジェクトが遂行されている。肝がんのゲノム解析はICGCから日本が割り当てられたテーマだった。